Parece ser que están dando guerra las tablas xD A continuación les dejo un post con un ejemplo de tabla con cajas seleccionables y otros valores que son en éste caso enteros. Luego tenemos un botón con el que podemos recorrer la tabla (el modelo que representa los valores de la tabla) e ir borrando las filas que tienen la caja seleccionable seleccionada, valga la redundancia… 

package swing;

import java.awt.EventQueue;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;

import javax.swing.JButton;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;
import javax.swing.JScrollPane;
import javax.swing.JTable;
import javax.swing.border.EmptyBorder;
import javax.swing.table.DefaultTableModel;

public class TablaSeleccionable extends JFrame {

 private static final long serialVersionUID = 1L;
 private JPanel contentPane;
 private JTable table;

 /**
  * Launch the application.
  */
 public static void main(String[] args) {
  EventQueue.invokeLater(new Runnable() {
   public void run() {
    try {
     TablaSeleccionable frame = new TablaSeleccionable();
     frame.setVisible(true);
    } catch (Exception e) {
     e.printStackTrace();
    }
   }
  });
 }

 /**
  * Create the frame.
  */
 public TablaSeleccionable() {
  setTitle("Tabla seleccionable by jnj");
  setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  setBounds(100, 100, 604, 347);
  contentPane = new JPanel();
  contentPane.setBorder(new EmptyBorder(5, 5, 5, 5));
  setContentPane(contentPane);
  contentPane.setLayout(null);

  JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
  scrollPane.setBounds(10, 11, 560, 227);
  getContentPane().add(scrollPane);

  String[] columnas = { "Los checkbox", "Un dato", "Otro dato" };
  final DefaultTableModel modelo;
  modelo = new DefaultTableModel(null, columnas);

  // hay que programar nuestra propia función getColumnClass para
  // poder poner controles como por ejemplo el checkbox con los datos
  // booleanos
  table = new JTable(modelo) {
   private static final long serialVersionUID = 1L;

   @Override
   public Class getColumnClass(int column) {
    switch (column) {
    case 0:
     return Boolean.class;
    case 1:
     return Integer.class;
    case 2:
     return Integer.class;
    default:
     return Boolean.class;
    }
   }
  };

  table.setBounds(26, 26, 463, 332);
  scrollPane.setViewportView(table);

  // INSERTA UNOS DATOS EN LA TABLA
  for (int i = 0; i < 10; i++) {
   Object[] nuevafila = { false, i, i };
   modelo.addRow(nuevafila);
  }

  // BOTON QUE ELIMINA FILAS,
  // Recorre de atrás hacia adelante las filas eliminando las
  // seleccionadas.
  JButton btnEliminarFilas = new JButton("Eliminar filas");
  btnEliminarFilas.addActionListener(new ActionListener() {
   public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
    for (int i = 9; i >= 0; i--) {
     // si la fila i, columna 0 es true, es porque está
     // seleccionado el checkbox, entonces borra
     if (((Boolean) modelo.getValueAt(i, 0)) == true) {
      modelo.removeRow(i);
     }
    }

   }
  });
  btnEliminarFilas.setBounds(10, 249, 201, 23);
  contentPane.add(btnEliminarFilas);

 }
}