Para algunas cosas va muy bien una Raspberry Pi, para otras va muy bien Arduino, con lo que combinarlos es una buena idea.. ? Es decir, en un proyecto en donde haya que tener capacidad de procesamiento, red, hacer programas con bastante lógica, bases de datos, etc.. conviene tener disponible un sistema completo o parcialmente completo similar a un ordenador, la Raspberry Pi. Por otro lado, para trabajar manejando sensores y actuadores, señales analógicas, señales digitales moduladas en pulso o sin modular.. conviene tener disponible un microcontrolador, Arduino ?
Se puede siempre tratar de prototipar todo con una Raspberry, o todo con Arduino, pero no es la mejor idea. Dependerá de las funcionalidades del proyecto que será más sencillo construir con una cosa, con otra, o con las dos.
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